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その中で、site1.mydomain.comのカテゴリーページへのアクセスが全て404エラーになってしまう不思議な現象があります。テーマ別にarchives.phpにでも問題あるのかと思いましたが、月別アーカイブは正常ですし、パーマリンク設定部分での.htaccess問題でもないようです。
なおメイン（mydomain.com）のカテゴリーは正常という、超不可解なバグ。
これでメインがダメだったらコードがおかしいのですが、そうでもないから困る。
バックエンドではカテゴリー設定はもちろん、ちゃんとどのカテゴリーに何件の投稿があるかとか、投稿管理でカテゴリー別に表示させることはもちろん可能。
カテゴリーが使えないとカテゴリー別RSSが使えなくなるので不便ですが、こうなった場合強制的にタグを利用してRSSを利用する方法があります。
site1.mydomain.com/tag/keyword/feed
と入力すればそのキーワードに関連する投稿一覧のRSSが利用できます。
後はテーマ内のカテゴリーへのリンクを全てタグに置き換えるか削除しないといけません。
